A Controladoria Interna da Polícia Militar do Pará é o órgão de assessoramento direto do Comandante Geral, nos assuntos de Controle Interno relacionados às atividades da Corporação, quanto a legalidade dos certames licitatórios e contratos, as auditorias internas e ao acompanhamento e controle das atividades administrativas, orçamentária e financeiras da Corporação.

Dentre as atribuições deste órgão estão analisar as despesas oriundas dos contratos (Execução Financeira nas fases da Despesa), analisar Prestações de Contas (Suprimento de fundos, Relatórios de diárias, Processos de Jornada complementar, dentre outros), registrar diariamente conformidade de atos e fatos no SIAFEM e elaborar Prestação de Contas da Corporação ao Controle Externo.

A sede da Controladoria Interna está localizada no Quartel do Comando-Geral da Corporação. O atual Chefe Controladoria Interna é o Ricardo André Bilóia da Silva.